Organem powołanym do ochrony praw pacjenta jest Rzecznik Praw Pacjenta. Jest on centralnym organem administracji rządowej. Rzecznika powołuje, odwołuje oraz sprawuje nadzór nad jego działalnością Prezes Rady Ministrów. Rzecznik wykonuje swoje zadania przy pomocy Biura Rzecznika Praw Pacjenta.

Do zadań Rzecznika Praw Pacjenta należą, m.in.:

• prowadzenie postępowań w sprawach praktyk naruszających zbiorowe prawa pacjentów; przez praktykę naruszającą zbiorowe prawa pacjentów rozumie się bezprawne zorganizowane działania lub zaniechania podmiotów udzielających świadczeń zdrowotnych, stwierdzone prawomocnym orzeczeniem sądu, zorganizowanie wbrew przepisom o rozwiązywaniu sporów zbiorowych akcji protestacyjnej lub strajku przez organizatora strajku, o ile postepowanie to ma na celu pozbawienie pacjentów praw lub ograniczenie tych praw, w szczególności podejmowane celem osiągnięcia korzyści majątkowej; nie jest zbiorowym prawem pacjentów suma praw indywidualnych;
• prowadzenie postępowań wyjaśniających, których przedmiotem jest analiza, czy w zgłoszonym przypadku podmiot udzielający świadczeń zdrowotnych naruszył prawa pacjenta wynikające z ustawy o prawach pacjenta i Rzeczniku Praw Pacjenta oraz przepisów odrębnych; Rzecznik Praw Pacjenta podejmuje te działania na wniosek osoby zainteresowanej, który powinien zawierać w szczególności oznaczenie wnioskodawcy, oznaczenie pacjenta, którego sprawa dotyczy oraz zwięzły opis stanu faktycznego;
• prowadzenie postępowań wyjaśniających wszczynanych przez Rzecznika w przypadku powzięcia wiadomości uprawdopodobniającej naruszenie praw pacjenta;
• żądanie wszczęcia postępowania w sprawach cywilnych oraz udział w toczącym się postępowaniu, z urzędu albo na wniosek strony, na prawach przysługujących prokuratorowi.